九龙江分北溪、西溪、南溪超三条支流。 北溪的正源是龙岩万安溪，发源于玳瑁山中心地带的连城曲溪乡冯地村。 西溪正源是漳州南靖船场溪，发源于龙岩市适中乡南部适方山，支流有花山溪、黄溪、永丰溪、芗江等。芗江与船场溪在靖城附近郑店汇合后称西溪。 南溪，在九龙江河口注入，正源有两种说法，一种是平和县红婆石山沟，而是平和县太极峰。